Алюмосиликатный каркас морденита характеризуется кольцами из пяти тетраэдров. На фиг. 231 дана (по Мейеру) проекция одной четвертой части элементарной ячейки на плоскость (001). Указано положение плоскостей симметрии m, перпендикулярных а, и плоскостей скользящего отражения, перпендикулярных b; центр симметрии в атоме кислорода обозначен через Н. Применив эти операции симметрии, легко представить себе связи структуры во всех направлениях.
Атомы кремния, обозначенные через С и D, находятся на плоскостисимметрии на высоте 1/4с; соответствующие им тетраэдры симметричны относительно этой плоскости. После их отражения в плоскости m, перпендикулярной a, они образуют четырехчленное кольцо. Центр симметрии переводит это кольцо в сходное четырехчленное кольцо с атомами кремния С' и D' на высоте 3/4с. Четырехчленные кольца связаны вместе цепочкой тетраэдров, располагающихся вокруг атомов кремния А, В', В, А'; вершины этих тетраэдров направлены попеременно вверх и вниз. Атомы кислорода Е и F лежат в плоскости симметрии на высоте 3/4с и связаны с отраженными тетраэдрами, находящимися над ними, а соответствующие вершины Е' и F' расположены в плоскости на высоте 1/4с и присоединены к тетраэдрам под ними. Структура силикатного каркаса в полной элементарной ячейке изображена на фиг. 232; здесь же для сравнения приведена структура дакиардита (см. ниже). Волокнистый минерал птилолит является структурным аналогом морденита.
Химический анализ минерала дает постоянное соотношение Al:Si, равное 1:5. По мнению Мейера, это свидетельствует об упорядоченном замещении кремния на алюминий в структуре. Маловероятно, что замещение локализовано в положениях С и D на фиг. 231, так как в этом случае в структуре имелись бы соседние группы AlO4, разделяющие общий атом кислорода. Более вероятно замещение алюминием половины кремния, обозначенного через А, или половины кремния В. Мейер пришел к выводу, что четыре из восьми атомов натрия в элементарной ячейке находятся в положениях, обозначенных G, G' при 0 и 1/2с; это свидетельствует о вероятном размещении Al в положении А, так как при этом он оказывается вблизи атома натрия, способствуя лучшему балансу зарядов. Положение остальных атомов натрия и молекул воды не было точно определено. Подобная структура с чередующимися атомами кремния и алюминия в положениях А, В снижает симметрию до Cmc21; таким образом, центросимметричную группу Стоп следует рассматривать как группу псевдосимметрии.
Большие каналы, параллельные с, показаны на фиг. 232; они имеют внутренний диаметр 6,6 Å. Их пересекают каналы, параллельные b, внутренний диаметр которых 2,8 Å. Согласно Барреру, дегидратированный морденит быстро сорбирует молекулы диаметром меньше 3 Å, такие, как N2 и O2, действуя как двумерное молекулярное сито.
Структура дакиардита, (К, Na, Ca1/2)5Al6Si19O48·12Н2O, была расшифрована Готтарди и Мейером (Gottardi, Meier, 1963). Она оказалась сходной со структурой морденита (фиг. 232). В каждой подъячейке дакиардита находятся фрагменты структуры, аналогичные фрагментам структуры морденита, но они связаны разными способами, в результате чего симметрия дакиардита снижается до моноклинной В2/m, а ось b уменьшается в два раза. В дакиардите натрий частично замещен кальцием.
Структура стильбита, по мнению Мейера (личное сообщение), родственна структуре морденита.